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耶魯大學(xué)化學(xué)系研究生階段僅開設(shè)有以下1個學(xué)位項目，即：
化學(xué)博士：為期4-7年（視論文完成情況），要求申請者本科畢業(yè)，擁有化學(xué)專業(yè)背景，其中須修讀過1年的基礎(chǔ)有機化學(xué)（帶實驗），以及1年的基礎(chǔ)物理化學(xué)課程。如申請者本科非化學(xué)專業(yè)背景，但滿足上述課程要求，也可申請。申請者需遞交GRE General考試成績，建議遞交GRE化學(xué)科目考試成績，但未設(shè)定最低分數(shù)要求。該項目學(xué)生可獲得全額獎學(xué)金，涵蓋全部學(xué)費、生活補助和醫(yī)療保險，開學(xué)后前3-4個學(xué)期主要以Teaching Fellowship為主，之后以Research Fellowship為主。此外，學(xué)生在攻讀PhD學(xué)位過程中，達到相關(guān)要求，也可獲得碩士學(xué)位
| 排名 | 學(xué)校 | 專業(yè)（major） |
|---|---|---|
| 1 | 加州理工學(xué)院 | 化學(xué) |
| 2 | 哈佛大學(xué) | 化學(xué) |
| 2 | 麻省理工學(xué)院 | 化學(xué) |
| 2 | 斯坦福大學(xué) | 化學(xué) |
| 2 | 加州大學(xué)伯克利分校 | 化學(xué) |
| 6 | 西北大學(xué) | 化學(xué) |
| 6 | 斯克里普斯研究所 | 化學(xué) |
| 6 | 伊利諾伊大學(xué)香檳分校 | 化學(xué) |
| 9 | 哥倫比亞大學(xué) | 化學(xué) |
| 9 | 康奈爾大學(xué) | 化學(xué) |
| 9 | 普林斯頓大學(xué) | 化學(xué) |
| 9 | 威斯康星大學(xué)麥迪遜分校 | 化學(xué) |
| 9 | 耶魯大學(xué) | 化學(xué) |
| 14 | 芝加哥大學(xué) | 化學(xué) |
| 15 | 密歇根大學(xué)安娜堡分校 | 化學(xué) |
| 15 | 北卡羅來納大學(xué)教堂山分校 | 化學(xué) |
| 15 | 德克薩斯大學(xué)奧斯汀分校 | 化學(xué) |
| 15 | 加州大學(xué)洛杉磯分校 | 化學(xué) |
| 19 | 賓夕法尼亞大學(xué) | 化學(xué) |
| 20 | 佐治亞理工學(xué)院 | 化學(xué) |
| 20 | 匹茲堡州立大學(xué) | 化學(xué) |
| 20 | 加州大學(xué)歐文分校 | 化學(xué) |
| 20 | 加州大學(xué)圣地亞哥分校 | 化學(xué) |
| 24 | 約翰霍普金斯大學(xué) | 化學(xué) |
| 24 | 普渡大學(xué)西拉法葉分校 | 化學(xué) |
| 24 | 德州農(nóng)工大學(xué) | 化學(xué) |
| 24 | 科羅拉多大學(xué)波德分校 | 化學(xué) |
| 24 | 明尼蘇達大學(xué)雙城分校 | 化學(xué) |
| 24 | 華盛頓大學(xué) | 化學(xué) |
| 30 | 俄亥俄州立大學(xué) | 化學(xué) |
| 30 | 加州大學(xué)舊金山分校 | 化學(xué) |
| 32 | 杜克大學(xué) | 化學(xué) |
| 32 | 埃默里大學(xué) | 化學(xué) |
| 32 | 印第安納大學(xué)伯明頓分校 | 化學(xué) |
| 32 | 萊斯大學(xué) | 化學(xué) |
| 32 | 加州大學(xué)戴維斯分校 | 化學(xué) |
| 32 | 加州大學(xué)圣塔芭芭拉分校 | 化學(xué) |
| 32 | 猶他大學(xué) | 化學(xué) |
| 39 | 康奈爾大學(xué) | 化學(xué) |
| 39 | 匹茲堡大學(xué) | 化學(xué) |
| 41 | 卡內(nèi)基梅隆大學(xué) | 化學(xué) |
| 41 | 亞利桑那大學(xué) | 化學(xué) |
| 41 | 佛羅里達大學(xué) | 化學(xué) |
| 41 | 馬里蘭大學(xué)帕克分校 | 化學(xué) |
| 41 | 德克薩斯大學(xué)達拉斯西南醫(yī)學(xué)中心 | 化學(xué) |
| 41 | 范德堡大學(xué) | 化學(xué) |
| 41 | 圣路易斯華盛頓大學(xué) | 化學(xué) |
| 48 | 愛荷華州立大學(xué) | 化學(xué) |
| 48 | 密歇根州立大學(xué) | 化學(xué) |
| 48 | 南加州大學(xué) | 化學(xué) |
| 48 | 弗吉尼亞大學(xué) | 化學(xué) |
